目前南京市主要江河湖水
位仍处于警戒线以下，但受上游来水、本地降水影响，情况不容乐观。
长江南京段方面，长江大通站5月27日8时流量60500立方米/秒，与常年5月相比，流量列历史第2位，与5月1日相比，流量増加了28000立方米/秒。长江南京站27日高潮位8.24米，与常年5月相比，列历史第2位，与5月1日相比，水位上涨了近2.3米。城市河道、水库、塘坝方面，由于底水较高、调蓄空间减少，6月开始，南京将开始对城市主要水体进行调节，将水位控制在警戒线以下20厘米，例如玄武湖水位将下降到9.9米以下。
