被称为“中国佛画之祖”。
据《高僧传》记载，建初寺历代驻寺高僧有:?东吴康僧会；东晋竺法达、竺法旷、支昙籥、帛尸梨蜜多罗、道儒、琼法师等；刘宋僧迦跋摩；萧齐明彻、僧祐；隋智矩等。
帛尸梨蜜多罗，简称“尸梨蜜”，龟兹国王子，让位出家。东晋元帝永昌元年（322）?到建康住建初寺。受丞相王导等人器重，一时名士争与结友。在建初寺译有《大灌顶经》12卷、《大孔雀王神咒》1卷、《孔雀王杂神咒》1卷。又授弟子觅力高声梵呗之法，为中国密教始祖。
高僧支昙籥本月支人，寓居建康。东晋孝武帝司马曜是个虔诚的佛教徒，他请支昙籥入驻建初寺，又亲自到建初寺会见，听他以美妙的梵音转读经典，并拜师受戒。支昙籥在建初寺孜孜不倦的传经布道至81岁而圆寂。
求那跋摩（367~431），是罽宾国（今克什米尔一带）王子，二十岁出家。南朝宋元嘉元年（424）后至建康建初寺，讲《法华》《华严十地品》。译有《菩萨戒经》《昙无德羯磨》《优婆塞五戒略论》等经律十余部。宋文帝刘义隆对他很崇信，在问到信佛与持斋戒杀的道理时，求那跋摩的回答使刘义隆很满意，受到宋文帝击节赞扬。
唐高宗永徽三年（652），建康县令请禅宗牛头派创始人法融（594~657），到建初寺开讲《大品般若》经，听讲者千人。次年，江宁县令李修本又请至建初寺讲《大集经》，听者僧俗三千余人。唐高宗显庆元年（656），法融应司功萧元善再三请求，住进建初寺，后在寺圆寂，寿64。（吴惠风）