让创新源泉充分涌流，必须深化体制机制改革。对此，条例注重健全决策机制，规定省人民政府和设区的市人民政府应当成立由科技、产业、投资、法律等领域高层次专家组成的科技创新决策咨询委员会。
鉴于科技成果决策的不确定因素较多、决策风险较高，为避免相关人员决策时瞻前顾后，错失发展良机，解决科技成果决策的后顾之忧，条例建立了容错机制，规定对于财政性资金资助的探索性强、风险性高的创新项目，原始记录证明承担项目的单位和科技人员已经履行勤勉尽责义务仍不能完成的，经项目主管部门组织专家论证后，可以允许该项目结题。承担该项目的单位和科技人员继续申请利用财政性资金的创新项目不受影响。高等院校、科研院所、国有企业、事业单位在推进科技创新过程中，工作没有达到预期效果或者因成果转化后续价值发生变化造成损失，其负责人已经履行勤勉尽责义务，未牟取个人非法利益的，负责人不承担相关责任。
条例还规定科技项目主管部门应当建立承担项目的单位和科技人员科研诚信档案。诚信档案记载事项应当作为专业技术职务职称评聘、科技项目申报、科技成果奖励的依据。高等院校、科研院所等单位应当建立完善科研工作管理制度，将科研诚信工作纳入常态化管理。
此外，条例提出加强知识产权保护，规定推动建立高效的知识产权综合管理制度，健全知识产权协同保护机制，完善知识产权公共服务平台。