其实早在接触马克思主义之前，李大钊就已经是科学世界观的推崇者与有神论思想的坚定批判者了。他在反思当时盛行的“尊孔复古”思潮时指出：“吾人生于今日之知识世界，除惟一自然之真理外，举不足劳吾人之信念，故吾人之伦理观，即基源于此惟一自然之真理也。”李大钊以朴素的自然主义为基础，认为宇宙中的一切都属于客观的自然，而不是源自某种超越性的神灵或抽象理念。在1917年2月，李大钊发表了著名的《真理》一文，将科学与宗教迷信对立起来，认为“真理乃自然的因果的，宗教传说乃神秘的迷信的”，文章肯定了人类可以用科学的方法从自然中找到独一无二的真理，而“此真理者，必能基于科学，循其逻辑之境，以表现于人类各个之智察，非传说之迷信所得而蔽也。”而在《今与古》一文中，李大钊又写道：（自然）科学是在自然界中找出一定的法则，有如何的因，便有如何的果。他们能用科学方法证其因果，又能就古来的，而发明古来所未有的。
通过对马克思主义思想的深刻研究与理解，李大钊逐步建立了一套更加系统的科学世界观与无神论思想，认识到了宗教迷信背后所掩盖的阶级矛盾。传统的有神论世界观要求人民盲目地信仰神灵，并宣称神灵是世界的创造者和人间道德秩序的奠定者，用“天堂”“地狱”等一系列彼岸世界的概念来劝导人民弃恶从善。于是，当时有些学者宣传宗教的好处，认为鼓励人民信仰宗教能带来社会道德水平的提升。李大钊犀利地指出，这种有神论思想背后的真实目的是愚化人民，让人民放弃寻求真理，安于被封建势力统治的现状。从而，“那些永据高位握有权势的人，才能平平安安的常享特殊的权力”，并“可使一般人民老老实实的听他们掠夺”。李大钊认为，唯有通过宣传科学世界观，才能真正开启民智，让人民群众认清社会运转的真相，并最终实现自我解放。