李兆君介绍，微生物降解项目实施攻关过程紧密围绕前面提到的研究主线，主要分为三个阶段，即挖掘资源阶段、明确机制阶段、建立途径阶段。
“每个阶段均取得了显著的研究成果，例如，挖掘资源阶段成功挖掘了功能微生物菌株资源或优势功能菌80余株，高效转化昆虫资源4种，克隆相关功能基因24个，形成复合微生物菌剂7种；鉴定功能物质10种；分离鉴定畜禽病原微生物230多株。以上成果均为后两个阶段的实施提供了有力支撑，是本项目顺利实施的基本保障。”李兆君说。
如今，微生物降解项目形成的固体有机废弃物制肥技术、病死畜禽无害化处理技术、气流膜堆肥技术、一种高效降解四环素类抗生素的微生物菌剂及应用等均实现了成果转化与落地。其中，固体有机废弃物制肥技术推广应用于多家有机肥或生物有机肥生产企业，该技术的成功转化不仅推动了畜禽养殖废弃物的资源化高值利用，而且在降低企业生产成本的同时保证了肥料的功效，使企业、农民均从中受益。
无害化处理项目研发人员、农业农村部沼气科学研究所研究院邓良伟介绍，项目攻关过程可分为三个阶段：第一阶段以各项技术的实验室小试研究为主，优化小试运行参数；第二阶段各项技术进入中试，运行参数进一步优化；第三阶段各项技术进行示范效果研究及推广应用。
邓良伟以粪便干式沼气发酵技术为例介绍，在实验室小试阶段项目试制了容积170升（L）的鸡粪干式沼气发酵装置，初步确定了鸡粪干式沼