2021年是中国共产党成立100周年，是开启美丽中国建设新征程、向生态文明建设实现新进步目标迈进的起步之年。福建省厦门环境监测中心站将坚持以习近平生态文明思想为指导，以更加突出精准科学依法治污、继续打好污染防治攻坚战为目标，积极推进生态环保铁军先锋队建设。
福建省厦门环境监测中心站将力争建设成为有特色的国家优质实验室，拥有水、气、土、海洋等类别全项目监测能力，建设海湾型城市空气质量预警预报技术研究团队、现代生态环境监测技术研究团队及海洋环境质量监测团队、海湾湖库富营养化监控团队和流域生态环境监测技术研究团队。
●建成九龙江流域水生态环境预警体系
通过九龙江流域各监测机构的跨区域协调，联合开发
九龙江流域水质预警体系，初步实现全流域污染源管理。
●高质量开展海洋生态环境质量监测
实现对我省近岸、近海海域介质中的常规理化指标、生物毒素、持久性有机污染物质、重金属物质、病原体微生物等全要素的分析监测能力；开展海洋生态调查研究和生态系统评价；形成应对重大环境风险的应急监测能力；推进海域生态环境跟踪监测与修复评估。
●建成环境空气质量预报预警中心
建成区域环境空气质量联合预报预警中心，实现区域和城市基本具备7～10天环境空气质量预报能力、15～20天污染潜势预测能力，提升城市环境空气质量预报准确率，同时开展区域多情景污染管控效果模拟与预评估。完善量值溯源/传递体系，建设颗粒物/臭氧量值溯源/传递/校准实验室。
●推进生态环境监测能力建设
开发地表水、海水中持久性有机污染物和环境空气中117种挥发性有机物分析项目监测能力；增强土壤重金属检测的能力；建立突发环境事件应急监测工作机制。
●开展生态环境监测科研
开展闽西南及其近海区域星-地融合近地面颗粒物污染遥感技术研究、海峡西岸大气颗粒物微观特性监测研究；开展藻类群落结构的变化、藻类生态动力学特征与海洋环境变化的关系、藻毒素和毒理学、有害藻类赤潮等研究。