建中心
随着综合实力不断增强，厦门市儿童医院作为儿科区域医疗中心和儿科疑难疾病诊治中心的地位日益凸显。来医院就诊的患儿，近50%来自厦门周边地市，其中14%来自省外。
厦门市儿童医院开通新生儿院前急救转运，全省已有46家医院的近7000多名危重新生儿，由该院新生儿医学中心转运团队护送入院。医院还与120急救中心合作，开展危重症儿童院前急救转运，目前已形成包括直升机、地面救护车转运急救绿色通道等在内的无缝式陆空救援体系，进一步拓展了服务半径。
医院牵头成立厦漳泉儿科医联体，通过危重症患儿跨区域救治与转诊、远程医学平台等方式展开密切合作，推动儿科分级诊疗，共同提升区域内儿科医学水平。后来，厦漳泉儿科医联体拓展成为闽西南儿科医联体。2020年，甘肃临夏州医院和临夏州妇幼保健院的加盟，使闽西南儿科医联体进一步发展成跨区域的儿科医联体。
厦门市卫健委与复旦大学附属儿科医院签订第二轮委托管理协议后，厦门市儿童医院将全力创建具有示范意义的国家儿科区域医疗中心，届时将带动区域儿科医疗水平进一步提升，造福更多患儿。