●厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区
近年来，市自然资源和规划局落实国际《生物多样性保护公约》的规定，成立自然保护区事务中心，加强我市海洋保护区、海洋公园生物资源保护，保护生物多样性。
2000年4月4日，经国务院批准成立厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区。保护区由厦门中华白海豚省级自然保护区、厦门文昌鱼市级自然保护区和厦门大屿岛白鹭省级自然保护区整合成立。保护区及外围保护地带330.88平方千米，其中保护区面积75.88平方千米。
●栗喉蜂虎保护区
栗喉蜂虎保护区于2011年由厦门市政府批准建立，保护区总面积约40公顷。保护区的主要保护对象是栗喉蜂虎及其繁殖、觅食和栖息的自然生态环境。这是我市继大屿岛白鹭自然保护区、中华白海豚自然保护区和文昌鱼自然保护区后建立的第四个自然保护区，第二个以鸟类为主要保护对象的保护区，也是第一个设立在厦门岛内中心城区的市级自然保护区。
●厦门国家级海洋公园
2011年5月，经国家海洋局批准，厦门国家级海洋公园成为全国第一批国家级海洋公园。海洋公园南起厦门大学海滨浴场，沿环岛路向北延伸至观音山沙滩北侧及五缘湾（含五缘湾湿地公园），公园总面积为24.87平方公里，海域面积20.76平方公里。其中，涵盖重点保护区面积1.53平方公里、生态与资源恢复区面积0.85平方公里、适度利用区22.01平方公里和科学实验区0.48平方公里。陆地面积为4.05平方公里，岛屿面积0.06平方公里。重点保护对象为区内稀有的海洋生态景观、历史文化遗迹、地质地貌景观及珍稀海洋物种。