口腔微生物群是人类体内最多样化的微生物群落之一，目前有超过600种分类。口腔包含至少6种不同的生境，但牙齿生物膜，包括上和下牙龈菌斑，是最多样化的。目前，与之相关的龋齿和牙周炎等牙科疾病造成了不小的健康负担，而且口腔微生物还与口腔外疾病有关。
科学家知道大约70%的口腔细菌的基因组成。美国福赛斯研究所等机构的研究人员发现，在长期饥饿或“世界末日”的实验中，属于肠杆菌科的3种密切相关的细菌比其他所有口腔细菌都活得长。该菌群的许多物种都已知会在医院引起感染。
例如，一些克雷伯氏菌比良性“邻居”在唾液混合物中存活时间更长，而医院多次耐抗生素克雷伯氏菌的致命暴发都可以追溯到医院的水槽和排水道。这些结果有助于解释某些危险细菌是如何在无菌的医院环境中存活并感染病人的。
此外，研究人员认为，口腔健康在预防癌症方面可能有重要作用。瑞典卡罗林斯卡学院研究人员在《肠道》上发表的一项研究表明，囊性胰腺肿瘤中是否存在口腔细菌，与肿瘤严重程度有关。
研究人员对在胰腺中发现口腔细菌感到惊讶，该结果有助于重新评价细菌在胰腺囊肿发展中的作用，有望提高胰腺癌的诊断和治疗水平。
除了健康影响，这些微生物还能告诉人们古老的历史故事。
在人的一生中，牙齿生物膜会自然地反复钙化，形成牙石，这是口腔微生物群的一种长期、稳定的记录。之前，考古学已经证明牙石可以保存5万年前的真实口腔细菌元基因组。
尼安德特人复原图（左）与塞尔维亚Pesturina洞穴