隋炀帝修建大运河，从洛阳到杭州的运河分三段，先沟通黄河与淮河，然后从淮河经淮安南下，通过运河至长江北岸的扬州，再过江从运河到杭州。淮安位于淮河边，可以说是洛阳与江南之间最为重要的水运重镇。安史之乱后，唐朝失去了对河北等地的控制，所能用的钱粮主要来自江南，这更加提高了淮安在这条生命运输线上的重要性。一旦淮安不为中央政府控制，整条运输线都将瘫痪。宋朝也差不多，只不过元朝更加重视海运，淮安的地位有所下降。
淮安的地位再次提高，是明成祖朱棣把国都从南京迁到北京之后。永乐十三年（1415），朝廷停止了元朝时兴盛的海运，主要走运河。南京往北有两大屏藩，西北是皇帝老家凤阳府，东北是淮安府，二府皆在淮河南岸、长江北岸，可互为犄角守护南京。具体来说，凤阳之重，更在于军事，有中都留守司；淮安之重，更在于漕运。
这一年，平江伯陈瑄奉朱棣之命，开淮安清江浦。明景帝景泰二年（1451），景帝让副都御史王竑出任新设的漕运总督，兼任巡抚淮安府、扬州府、庐州府（安徽合肥）、凤阳府，以及徐州、和州、滁州，驻在淮安府。当时的南直隶（含今江苏、安徽二省）在长江北岸的府州皆在王竑管辖之下。
换个角度说，明朝的淮安可以说是大半个南直隶的省会。鉴于京杭大运河对于明朝国运的关键作用，漕运总督设在淮安，等于是明朝把本朝国运系于淮安。淮安“安”则天下安，淮安如果有一点风吹草动，势必会影响明朝的统治。清朝取代明朝后，因清朝的龙兴之地在关外的盛京（辽宁沈阳），故而刻意打压以南京为省会的江南省（原明朝的南直隶省），将江南省分为安徽和江苏二省。但是，清朝经济的南重北轻没有任何改变，江南依然承担着北方统治中心的经济运转，京杭大运河的地位不降反升。
从南宋时期到清咸丰五年（1855）的600多年间，黄河出开封后是朝东南方向出徐州进入淮安，与淮河、运河交汇。由于黄河是个“水老虎”，经常泛滥成灾，不但给中下游地区造成巨大灾难，同时严重影响了京杭大运河的畅通。
清朝有两大非地方性的专业总督，一个是漕运总督，一个是河道总督。漕运总督衙门一直驻在淮安（今淮安区），而河道总督衙门则从康熙十六年（1677）从山东济宁府迁到江苏淮安府（今淮安清江浦区），两个衙门的距离也就十几公里。要知道，全国当时不过九个总督府，淮安一个府居然就占了两个，
“天下九总督，淮安居其二”，可见淮安之重要。
康熙皇帝曾在宫中柱上贴了三件大事时刻提醒自己，第一件事就是平定以吴三桂为首的三藩之乱。另外两件事则是治理河务和整顿漕运，而这两件大事都基本上围绕着淮安进行，尤其是这里位于黄河、淮河与运河的交汇处，水情复杂，治理难度极大，清廷一度每年要花财政的1/10用于治河，淮安的清口水利枢纽则是重中之重，这里集中国水利工艺之大成，已经被列为世界文化遗产点。
淮河是中国南北分界线，两侧水运的运力相差较大，而南来北往的漕运船只实在太多，如何防止拥堵呢？清朝的办法是，一些北方府县的船只从南方北上至淮安后，要在清江大闸上卸货，改由陆地运输，虽然成本提高，但至少保证了运河的南北畅通。淮安也因此而成为“南船北马”之地。
淮安一直不是省会，但古人就说，淮安“有漕运总督所居，衙门仓库司星罗棋布，俨然一省会矣！”由于漕运经济的繁荣，大量人口来到淮安，乾隆时期，仅淮安府治山阳县的常住人口就不下几十万，还吸引了大量的盐商来此发展，淮安的盐都气象不逊于扬州。
近代以来，随着铁路的兴起，运河地位的下降也导致淮安发展不快。如今，很多高铁线进入苏中地区，淮安有徐宿淮盐高铁，还有连淮扬镇高铁，以及贯通南北的京沪高铁二线，淮安形成了米字型高铁格局，有人称淮安是江苏高铁枢纽，未来的发展不可限量。
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